नैशनल पेंशन स्कीम में दो अलग-अलग तरह के स्ट्रक्चर हैं जिसमें पहला कॉमन स्कीम और दूसरा नया मल्टीपल स्कीम फ्रेमवर्क (MSF) है। कॉमन एनपीएस स्कीम में इनवेस्टमेंट प्रोसेस आसान है और प्रत्येक इनवेस्टर के लिए एक समान है जबकि MSF पेंशन फंड्स को सब्सक्राइबर के हिसाब से अलग-अलग स्कीम ऑफर करता है। MSF के तहत करीब 16 स्कीम उपलब्ध हैं।