कई मीडिया रिपोर्ट्स के अनुसार, भारत में पहला मदरसा 1191-92 में अजमेर में खोला गया था। हालांकि, यूनेस्को के हिसाब से भारत में 13वीं शताब्दी में मदरसों की शुरुआत हुई थी। मुगल शासकों ने मदरसों को प्रोत्साहन दिया था और कहा जाता है कि अकबर ने विभिन्न विषयों को शामिल करते हुए मदरसों का एक व्यापक नेटवर्क स्थापित किया था।