वॉट्सऐप में कई एडवांस सेक्योरिटी फीचर्स भी होते हैं जिनमें अनजान मेसेज ब्लॉक करना, कॉल के दौरान IP एड्रेस छुपाना और लिंक प्रीव्यू बंद करना साइबर ठगी के खतरे को काफी कम करता है। वॉट्सऐप में प्राइवेसी चेकअप टूल यूज़र्स को यह तय करने की सुविधा देता है कि उनकी प्रोफाइल फोटो, स्टेटस और लास्ट सीन कौन देख सकता है।