विश्व स्वास्थ्य संगठन (डब्ल्यूएचओ) ने निपाह वायरस से बचने के लिए बताया है कि फ्रूट बैट और सूअरों के संपर्क में (प्रकोप वाले क्षेत्रों में) न आएं। इसके अलावा भोजन अच्छी तरह से पकाएं, कच्चे या आधे पके फलों का सेवन करने से बचें। अच्छी हाइजीन प्रैक्टिस जैसे बार-बार हाथ धोना वायरस के प्रसार को रोकने के लिए आवश्यक है।