एनआईए और ईडी ने पीएफआई के खिलाफ अपनी रिमांड रिपोर्ट में दावा किया है कि वह भारत में आतंकवादी घटनाओं को अंजाम देकर इस्लामी शासन स्थापित करने की साज़िश रच रहा है। रिपोर्ट में यह भी कहा गया है कि पीएफआई मुस्लिम युवाओं को आईएसआईएस, लश्कर-ए-तैयबा जैसे आतंकी संगठनों में भर्ती होने के लिए प्रोत्साहित कर रहा था।