मालेगांव ब्लास्ट मामले में कोर्ट ने फैसला सुनते हुए कई टिप्पणियां की। जिसमे UAPA लागू नहीं होगा, अभिनव भारत पर आरोप सिद्ध नहीं। कोर्ट ने कहा कि संगठन का नाम तो लिया गया, पर कोई ठोस लिंक नहीं मिला। यह भी साबित नहीं हो सका कि बाइक प्रज्ञा ठाकुर की थी। साक्ष्यों में गड़बड़ियां, मेडिकल प्रमाणपत्रों में हेराफेरी सामने आई।